Raziskovalci so preučili kako normalne celice in celice s pomanjkanjem hranil identificirajo beljakovine in organele, ki jih potem razgradijo z avtofagijo.
Običajen uvod v biologijo se začne s predstavitvijo celice kot mesta, v katerem celične organele prevzemajo funkcije elektrarn, tovarn, cest, knjižnic, skladišč in podobno. Tako kot mesto tudi celične strukture potrebujejo veliko virov za svoje delovanje in v času pomanjkanja morajo določene komponente reciklirati, da bi si zagotovile nujne sestavine, še posebno aminokisline, da bi obdržale vitalne funkcije.
Glavna hipoteza, kako se odločajo, kaj reciklirati, pravi, da v stradanju celice izbirajo ciklične ribosome – celične tovarne proteinov, ki so bogate z aminokislinami in nukleotidi. Uporabile naj bi avtofagijo, proces razgradnje beljakovin na veliko. Nova raziskava pa je odkrila, da celice raje kot ribosome reciklirajo druge organele, še posebno dele endoplazmatskega retikuluma, pri tem pa ne uporabljajo avtofagijo ampak ubiquitin-proteasomski sistem.