Prehrana, bogata z izoflavoni, fitoestrogeni ali drugih spojinami rastlinskega izvora, ki so podobne estrogenu, ščitijo pred simptomi, podobnimi multipli sklerozi. Pomembno je, kot so ugotovili v raziskavi na miših zaščitno, da deluje prehrana z izoflavoni samo v povezavi z mikrobioto, ki je sposobna razgraditi te izoflavone.
Predhodne študije na ljudeh so pokazale, da bolnikom z multiplo sklerozo primanjkuje del mikroflore v primerjavi z ljudmi brez multiple skleroze. Izoflavone najdemo v soji, grahu, čičeriki in drugih stročnicah. V študiji so tudi ugotovili, da imajo miši, ki so jim dajali izoflavonsko prehrano, mikrobioto zdravih ljudi, ki je sposobna razgradnje izoflavonov. Velja tudi obratno, prehrana brez izoflavonov spodbuja rast mikrobiote, ki je podobna mikrobioti bolnikov z multiplo sklerozo, v kateri primanjkuje mikroorganizmov, ki so sposobni razgraditi izoflavone.
Multipla skleroza je avtoimuna bolezen možganov in hrbtenjače, pri kateri imunski sistem napade zaščitni ovoj nevronskih vlaken. Simptomi te bolezni vključujejo slabost mišic, težave z ravnotežjem, težave z vidom in razmišljanjem. Zdravila samo upočasnijo bolezen in je ne zdravijo. Čeprav točen vzrok multiple skleroze ni znan, vemo, da gre za kompleksno interakcijo med genetskimi in okoljskimi vplivi. Med okoljske vplive so nedavno vključili tudi mikrobioto, saj so ugotovili, da se mikrobiota zdravih ljudi in ljudi z multiplo sklerozo močno razlikuje.
Raziskovalci so ugotovili, da je mikrobiota, ki je bolniki z multiplo sklerozo nimajo, sposobna upočasniti vnetje v mišjem modelu multiple skleroze. Primerjali so učinke izoflavonske prehrane in prehrane brez izoflavonov na bolezen v mišjem modelu multiple skleroze. Ugotovili so, da izoflavonska prehrana nudi zaščito, pri čemer odstranitev ključne mikrobiote pomeni tudi odstranitev zaščite. Po povrnitvi polne mikrobiote se je izoflavonska zaščita zopet vzpostavila. Ugotovili so tudi, da je specifični metabolit izoflavonov equol, ki ga proizvaja mikrobiota, tisti, ki nudi zaščito pred multiplo sklerozo.